Se estima que una proporción considerable de los medicamentos vendidos no se llegan a consumir. La eliminación inadecuada de medicamentos caducados o no consumidos supone una importante vía de contaminación, en gran medida evitable. Los medicamentos pueden ser incorrectamente depositados en la basura doméstica (incorporándose a residuos municipales) o alcanzar las aguas residuales a través de desagües de lavabos o inodoros.
En el medio ambiente los medicamentos se transforman y se transfieren entre los distintos compartimentos (agua, suelo…). La persistencia de los contaminantes en la naturaleza depende, entre otros factores, de las características de los fármacos, del volumen excretado y de las características de los compartimentos medioambientales. Por ejemplo, los fármacos liposolubles pueden acumularse en el tejido graso animal e incorporarse a la cadena alimentaria (etinilestradiol es un candidato potencial para bioacumularse en grandes depredadores).
